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生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、存储、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究的热门领域之一。本书主要介绍生物信息学的相关实验，并给出对应的习题。全书分为四篇： 篇讲解生物信息学实验，共设计了23个实验；第二篇为习题集；第三篇为习题集参考答案；第四篇提供相关的名词解释。本书附录部分介绍了常见的模式生物和热带植物的主要特点，可供学习生物信息学的读者巩固所学的生物信息学知识，并拓展其视野。本书的内容主要对应《实用生物信息学》一书，同时兼顾其他 的生物信息学教材。

目 录

篇 生物信息学实验1

第0章 生物信息学实验室规则与安全2

第1章 文献检索3

实验1 中文文献检索(以中国知网数据库为例)4

实验2 外文文献检索(以ScienceDirect数据库为例)8

第2章 生物信息数据库资源12

实验3 核酸数据库检索(以GenBank数据库为例)13

实验4 蛋白质数据库检索(以UniProt数据库为例)22

实验5 蛋白质结构数据库检索(以PDB数据库为例)30

实验6 基因组数据库检索(以TAIR数据库为例)33

实验7 代谢数据库检索(以KEGG数据库为例)38

实验8 非编码RNA数据库检索(以miRBase数据库为例)44

实验9 基因表达数据库检索(以GEO数据库为例)47

第3章 序列比对50

实验10 在线序列比对实验(以BLAST、BLAT软件为例)50

实验11 本地序列比对实验(以BioEdit软件为例)54

实验12 多序列比对实验(以Clustal软件为例)57

第4章 核酸序列分析61

实验13 核酸序列常规分析(以DNAStar软件为例)61

实验14 基因序列元件预测63

实验15 引物设计分析(以Primer 5.0软件为例)67

实验16 代测序数据分析71

第5章 蛋白质序列分析75

实验17 蛋白质理化性质分析75

实验18 蛋白质空间结构分析79

实验19 蛋白质的修饰分析82

实验20 蛋白质定位预测85

第6章 基因表达分析89

实验21 qPCR数据分析89

第7章 进化分析93

实验22 进化树构建(以MEGA软件为例)93

第8章 非编码miRNA分析97

实验23 非编码miRNA查询及预测分析97

第二篇 生物信息学习题集101

第1章 文献检索102

1.1 知识点介绍102

1.2 典型例题讲解103

1.3 习题105

第2章 生物信息数据库资源107

2.1 知识点介绍107

2.2 典型例题讲解111

2.3 习题113

第3章 序列比对119

3.1 知识点介绍119

3.2 典型例题讲解121

3.3 习题122

第4章 核酸序列分析125

4.1 知识点介绍125

4.2 典型例题讲解130

4.3 习题131

第5章 蛋白质序列分析133

5.1 知识点介绍133

5.2 典型例题讲解138

5.3 习题139

第6章 基因表达分析141

6.1 知识点介绍141

6.2 典型例题讲解144

6.3 习题145

第7章 进化分析147

7.1 知识点介绍147

7.2 典型例题讲解150

7.3 习题151

第8章 非编码miRNA分析153

8.1 知识点介绍153

8.2 典型例题讲解156

8.3 习题157

第三篇 参考答案159

第1章 文献检索160

第2章 生物信息数据库资源163

第3章 序列比对173

第4章 核酸序列分析175

第5章 蛋白质序列分析177

第6章 基因表达分析183

第7章 进化分析185

第8章 非编码miRNA分析186

第四篇 名词解释187

附录I 常见模式生物基因组信息介绍207

附录II 常见热带植物基因组信息介绍240

参考资料256

冯世鹏，男，博士，2009年毕业于 广州生物医药与健康研究院，海南大学热带作物学院副教授，被海南省人才服务中心认定为拔尖人才，连续多年为研究生、本科生主讲《生物信息学》课程，同时作为主讲教师参与了本科生《分子生物学》、《生物化学》等课程的教学工作，教学经验丰富。已出版专著一部，发表论文十余篇，申请专利四项。

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书籍介绍

生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、存储、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究的热门领域之一。本书主要介绍生物信息学的相关实验，并给出对应的习题。全书分为四篇：第一篇讲解生物信息学实验，共设计了23个实验；第二篇为习题集；第三篇为习题集参考答案；第四篇提供相关的名词解释。本书附录部分介绍了常见的模式生物和热带植物的主要特点，可供学习生物信息学的读者巩固所学的生物信息学知识，并拓展其视野。本书的内容主要对应《实用生物信息学》一书，同时兼顾其他优秀的生物信息学教材。